Ingénieur en analyse d’image de microscopie (H/F)
À propos de nous L'Institut Curie est un acteur majeur de la recherche et de la lutte contre le cancer. Il est constitué d'un hôpital et d'un Centre de recherche de plus de 1000 collaborateurs avec une forte représentativité internationale. L'objectif du Centre de recherche de l'institut Curie est de développer la recherche fondamentale et d'utiliser les connaissances produites pour améliorer le diagnostic, le pronostic, la thérapeutique des cancers dans le cadre du continuum entre la recherche fondamentale et l'innovation au service du malade. Mission Description du poste L'unité Génétique et Biologie du Développement BDD ( ) de l'Institut Curie est un département multidisciplinaire qui, entre autres, étudie la dynamique des tissus de l'échelle de la cellule à celle de l'organe au cours du développement. Les équipes de recherche utilisent la microscopie optique à fluorescence pour visualiser en temps réel différents processus biologiques dans divers organoïdes et modèles animaux (drosophile, poisson zèbre et souris). Nous recherchons un ingénieur en analyse d'image (Bio-Image Analyst) enthousiaste, curieux et doté d'un fort sens du service. Vous travaillerez au sein de la plateforme d'imagerie cellulaire et tissulaire (PICT) localisée à la BDD et collaborerez avec les scientifiques de l'unité et des équipes partenaires. Les projets couvriront un large spectre, allant de la mise en place de workflows d'analyse d'image au développement de scripts, macros ou plugins personnalisés, jusqu'à des collaborations approfondies prenant en charge l'analyse d'un projet de bout en bout. Vous intégrerez l'équipe d'imagerie constituée de 4 personnes et serez placé sous la responsabilité hiérarchique du responsable de la plateforme. Missions principales
- Être l'interlocuteur privilégié des équipes de recherche pour leurs besoins en analyse d'image et les accompagner dans la définition de stratégies adaptées.
- Concevoir, développer et déployer des outils d'analyse sur mesure pour des projets nécessitant des développements spécifiques.
- Piloter de manière autonome des projets d'analyse d'image, depuis le recueil des besoins jusqu'à la validation, la documentation et le transfert des solutions développées.
- Collaborer avec des scientifiques pour identifier, extraire et interpréter des paramètres biologiques pertinents à partir de données d'imagerie multidimensionnelle.
- Contribuer à la rédaction et à la préparation d'articles scientifiques en collaboration avec les équipes de recherche.
- Développer des solutions d'analyse d'image dont la portée dépasse les projets des utilisateurs.
- Promouvoir le partage, la diffusion et la mutualisation des outils et workflows d'analyse au sein de l'Institut Curie.
- Concevoir et dispenser des enseignements en analyse d'image à destination de doctorants, postdoctorants, étudiants...
- Réaliser une veille technologique et contribuer à des réseaux locaux, nationaux ou internationaux du domaine.
- Expérience du traitement d'image, de la visualisation de données et du développement de logiciels. Exemples : Fiji/ImageJ, Napari, Imaris, Ilastik, etc.
- Bonne connaissance des algorithmes de segmentation, du suivi des objets, de la reconnaissance des formes.
- Compétences en programmation : par exemple Python, MATLAB, Java, C/C++, Bash, ect.
- Savoir utiliser et optimiser les réseaux en apprentissage profond (Deep-learning).
- Goût pour le travail collaboratif et l'accompagnement de projets scientifiques variés.
- Capacité à travailler en équipe tout en gérant plusieurs projets simultanément avec un haut degré d'autonomie technique.
- Bonne capacité de communication scientifique en anglais, à l'écrit comme à l'oral.
- Une expérience en biologie et/ou en imagerie serait un plus.
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